Namatay si Magellan sa labanang ito noong Abril 27, 1521.Ang natira pang mga Kastila sa kapuluan ay nagkaroon ng alitan, kabilang na ang pagtatalo ni Raha Humabon at ng mga Kastila hinggil sa kababaihan.Nagsimula ang kolonyal na pamamahala ng Estados Unidos sa Pilipinas noong Disyembre ng 1899, kasama ang limitadong lokal na pamamahala noong 1905.Ang parsiyal na pagsasarili ay iginawad noong 1935, bilang paghahanda sa isang ganap ng kalayaan mula sa Estados Unidos noong 1945.Nagtayo ng mga permanenteng paninirahan sa Cebu kasabay ng ekspedisyon ni Miguel López de Legazpi noong 1565, at marami pang mga paninirahan ang itinatag pa-Hilaga hanggang sa maabot ng mga kolonyalista ang Look ng Maynila sa pulo ng Luzon.Nagtatag ng isang syudad sa Maynila at dito nagsimula ang panahon ng kolonyalisasyon ng Espanya na nagtagal ng tatlong siglo.
Hindi nagustuhan ng hari ng Portugal ang kanyang ideya kaya napagpasyahan ni Magellan na lumipat sa Espanya.
Ang Islam ay nakilala sa Pilipinas noong 13 siglo sa pamamagitan ng isang Arabong Misyonaryo na si Sharif Makhdum na lumapag sa Sulu.
Ipinagawa niya ang unang Masjid sa Pilipinas sa Tubig-Indangan, Pulo ng Simunol, Lalawigan ng Tawi-Tawi.
Ng taong 1390, si Rajah Baginda ay dumating sa Bansa at pinagpatuloy ang pagpapalaganap ng Islam na sinimulan ni Sharif Makhdum.
Si Abu Bakr ay dumating sa Jolo noong 1450 at pagkatapos ay pinakasalan niya ang dalagang anak ni Rajah Baginda na si Putri (Princess) Paramisuli.